После событий первой части истории Химура Кэнсин, бездомный самурай, давно поклявшийся больше не проливать кровь и не прикасаться к мечу, оказывается перед новым вызовом, угрожающим всей Японии. Злодеем выступает Макото Сисио, бывший соратник Кэнсина по революции, который решил свергнуть нестабильное правительство Мэйдзи и установить собственную диктатуру над страной.
