События спецвыпуска разворачиваются сразу после финала первого сезона оригинального аниме «Доктор Стоун». Сэнку Исигами и его соратники, уже собравшие достаточно материалов для постройки крупного морского судна, столкнулись с новой проблемой — им не хватает опытного капитана, который сможет провести корабль через опасные морские маршруты и добраться до источника зелёного света, вернувшего всё...
