Действие разворачивается спустя год после разрушительной битвы Годзиллы с Механической Годзиллой, когда жители Токио только начинают восстанавливать разрушения после столкновения гигантских чудовищ. Внезапно появляется новое требование: чтобы избежать нового нашествия, японские власти должны вернуть океану абсолютно все остатки первого пришествия Годзиллы — от костей до фрагментов ДНК.
