После событий второй части франшизы капитан Джеймс Т. Керк переживает невосполнимую потерю: его ближайший друг, вулканец Спок, погиб, спасая корабль «Энтерпрайз» от угрозы, которую создал Хан. Победа над противником и создание уникальной планеты Генезис, способной преобразовывать неживую материю в живую, не радуют Керка — он не может смириться с гибелью товарища.
