Действие ленты разворачивается спустя несколько лет после событий первой части, когда угроза из глубин космоса снова нависла над обычным американским городом. Паразитирующие инопланетные сущности, способные мгновенно вселяться в тела людей, подчинять себе их волю и быстро размножаться, снова начинают систематическую охоту на местных жителей, стремясь постепенно захватить контроль над всей...
Боб К. Каммингс: фильмы и сериалы
После событий второй части франшизы капитан Джеймс Т. Керк переживает невосполнимую потерю: его ближайший друг, вулканец Спок, погиб, спасая корабль «Энтерпрайз» от угрозы, которую создал Хан. Победа над противником и создание уникальной планеты Генезис, способной преобразовывать неживую материю в живую, не радуют Керка — он не может смириться с гибелью товарища.