Сериал рассказывает историю четверых братьев-черепашек, которые после контакта с мутагеном, попавшим в канализацию Нью-Йорка, превратились в антропоморфных мутантов. Их наставником стал мастер Сплинтер — бывшая домашняя крыса, тоже подвергшаяся воздействию того же вещества и научившаяся основам ниндзю.
